采用传统木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶或复合蛋白酶，其无法定向切割导致肽链被切断，不能精准控制产品分子量。传统蛋白酶本身属于大分子物质，所以最终产品水溶性一般。
重金属处理
普通运用分离过滤方法无法把控重金属并对提取物有效成分有影响。
微生物控制
食品接触面常采用化学性消毒剂，残留有对产品造成污染的风险;产品生产过程采用巴氏消毒或超高温瞬杀消毒，容易破坏蛋白质活性，同时影响产品气味口感。